De la même façon qu'avec Splatoon, Nintendo va proposer une mise à jour pour Super Mario Maker, totalement gratuite et apportant d'importants avantages pour les joueurs.
Ainsi, les drapeaux checkpoint très demandés par les joueurs, seront disponibles ! Désormais, vous ne serez plus obligé de finir le niveau d'une traite. Cet ajout rendra certains stages plus abordables et moins frustrants.
On pourra aussi fusionner les power-ups, les différents pouvoirs de Mario, dans les blocs. Ceci permettra de débloquer des objets différents, selon la taille de Mario.
Le mini-jeu consistant à écraser les insectes sera disponible en touchant la plante carnivore sur le menu.
Enfin, des niveaux "événements" seront aussi disponibles, élaborés pour la plupart par des partenaires de Nintendo. Le premier niveau sera d'ailleurs le stage gagnant du premier concours organisé par Nintendo of America. Ces nouveaux niveaux "événements" seront régulièrement ajoutés. D'ailleurs, un espace dédié aux niveaux "officiels", créés par Nintendo, sera ajouté.
Bref, cette mise à jour gratuite de Super Mario Maker sera disponible le 5 novembre 2015.